牛津大学由多个学院组成，截至最新的信息，牛津大学共有39个学院。这些学院包括：
万灵学院 （All Souls College）
贝利奥尔学院 （Balliol College）
布雷齐诺斯学院 （Brasenose College）
基督教堂学院 （Christ Church）
基督圣体学院 （Corpus Christi College）
艾克塞特学院 （Exeter College）
格林坦普顿学院 （Green College）
哈里斯˙曼彻斯特学院 （Harris Manchester College）
赫特福德学院 （ Hertford College）
耶稣学院 （Jesus College）
基布尔学院 （ Keble College）
凯洛格学院 （Kellogg College）
玛格莉特夫人学堂 （Lady Margaret Hall）
李纳克尔学院 （Lincoln College）
林肯学院 （Lincoln College）
其他学院
此外，牛津大学还有6个准学院，也称为“永久性私人学堂”（Permanent Private Halls），它们分别为各宗教教派所办，并保留着各自的宗教特许状。
牛津大学的学院采用联邦制形式，每个学院由Head of House和几个Fellows管理，这些Fellows都是在各自学术领域中的专家，并且大多数在学校担任职位。
牛津大学还设有多个学部，包括人文学部、社会科学部、数学物理和生命科学学部、医学科学学部，以及下属的独立中心和研究所等。