军事科学院和国防大学都是 直属中央军委领导的军事院校，在军改前它们都是正大军区级单位，军改后都降为副战区级单位。
军事科学院
性质和定位：军事科学院是全军军事科学研究中心，主要任务是研究军事学术、军队发展建设方向、研究重大军事防务问题，为中央军委和总部提供战略性建议，同时还承担一部分军事科研任务。
专业领域：涵盖军事战略、作战理论和条令、军队建设、军事历史、外国军事等多个方面。
学历层次：研究生院承担硕士和博士研究生的教学任务，招生对象主要是部队军官。
国防大学
性质和定位：国防大学是中国人民解放军最高军事学府，主要培养高级军事指挥人才，侧重于军事理论教育和高级军事领导人才的培养。
专业领域：侧重于战略理论、战役战术指挥、国防政策与国际战略等方面的研究和教学。
学历层次：提供包括本科、硕士、博士及博士后等不同层次的学历教育，主要接收军队在职干部的研究生教育。
总结：
军事科学院主要承担军事科学研究任务，是全军军事科学研究中心，而国防大学则侧重于培养高级军事指挥人才，侧重于军事理论教育。
在学历层次上，军事科学院的研究生院主要招收部队军官，而国防大学则同时提供本科、硕士、博士等多个层次的学历教育。