牛津大学由多个学院组成，这些学院分布在市中心及周边地区，并没有一个中心校园。截至2024年，牛津大学共有39个学院，其中包括6个准学院，这些准学院被称为“永久性私人学堂”，至今保留着宗教特许状。此外，还有一个继续教育学院。
各学院由Head of House和几个Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家。学院规模不等，但都在500人以下，学生、教师（院士）来自不同的专业学科。
牛津大学的教学和研究活动主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院。各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。
赛德商学院
计算机科学系
工程科学系
地理与环境系
化学系
统计学系
法学系
教育系
实验心理学系
牛津国际发展系
语言学、文字学与语音学系
政治与国际关系系
人文学院
社会学系
布拉瓦尼克政府学院
继续教育系
英语语言文学院
社会政策与干预系
东方研究系
全球与区域研究学院
历史系
人类学与博物馆民族志学院
音乐学院
哲学院
鲁斯金艺术学院
这些学院和专业涵盖了广泛的学术领域，包括人文学科、社会科学、数学物理和生命科学、医学科学等。牛津大学的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。