东南大学是一所拥有多个院系的综合大学，以下是截至2024年东南大学的院系设置：
建筑学院
建筑学、城乡规划、风景园林
机械工程学院
机械制造、机械电子、机械设计、工业工程、工业设计、车辆工程
能源与环境学院
热能与动力工程、建筑环境与设备工程、环境工程、核工程与核技术
信息科学与工程学院
通信与信息系统、信号与信息处理、电路与系统、电磁场与微波技术
土木工程学院
土木工程、工程管理、工程力学、智能建造
电子科学与工程学院
电子科学与技术、光学工程
数学学院
数学与应用数学、信息与计算科学、统计学
自动化学院
自动化、机器人工程
计算机科学与工程学院
计算机科学与技术
物理学院
物理学、应用物理学
生物科学与医学工程学院
生物医学工程、生物信息学、智能医学工程、生物医学工程（本硕连读）
材料科学与工程学院
金属材料、土木工程材料、电子信息材料、材料加工
人文学院
政治学与行政学、汉语言文学、旅游管理、社会学、哲学
经济管理学院
管理学类（信息管理与信息系统、工商管理、会计学、电子商务、物流管理）、经济学类（国际经济与贸易、金融学、经济学、金融工程）
电气工程学院
电气工程及其自动化
外国语学院
英语、日语
化学化工学院
化学工程与工艺、制药工程、化学
交通学院
交通工程、交通运输、道路桥梁与渡河工程、城市地下空间工程、测绘工程、港口航道与海岸工程
仪器科学与工程学院
测控技术与仪器、智能感知工程
艺术学院
产品设计、美术学、动画
法学院
法学、工程法
医学院
临床医学、医学检验
公共卫生学院
预防医学、劳动与社会保障（医疗保险方向）
网络空间安全学院
网络空间安全
吴健雄学院
工科试验班（吴健雄班，含东南大学四年制理工科类全部专业）
生命科学与技术学院
生物科学、生物工程
体育系
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马克思主义学院
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海外教育学院
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微电子学院
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31. 雷恩研究生学院
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32. 东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院
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33. 统计与数据科学学院
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34. 毫米波国家重点实验室
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35. 江苏省交通规划与管理重点实验室
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