拉卜楞寺是藏传佛教格鲁派六大寺院之一，其六大学院分别是：
闻思学院：
属于显宗，是拉卜楞寺的中心，也是全寺中最大的学院。闻思学院主要学习五部大论，包括因明、般若、中观、俱舍和律部，分为十三级。学院设有三种学位：然坚巴、尕仁巴和多仁巴。
时轮学院：
主要学习修观有关的时轮密乘和时轮天文历算，分为三个学级。
医学院：
主要学习医药知识，是拉卜楞寺六大学院之一。
喜金刚学院：
主要学习法律，仿拉萨布达拉宫的南杰扎仓样式修建。
续部上学院：
专修密宗，设三个学级，教规极为严格，戒律繁多。
续部下学院：
也专修密宗，位于大经堂东北，内供奉密集、怖畏、胜乐等密宗佛像。
这些学院构成了拉卜楞寺完整的宗教教学体系，涵盖了显宗和密宗的各个方面，同时也涉及医药、天文、历算等领域。