复旦大学的临床医学院包括 复旦大学附属华山医院和复旦大学附属中山医院，它们作为复旦大学的二级学院，主要负责医学教育教学和基础及应用科学研究。
华山临床医学院依托复旦大学附属华山医院和附属华东医院共同建设，以立德树人和医学教育教学为主责，同时承担基础和应用科学研究。华山医院以其卓越的临床医学本科生教学而闻名，拥有丰富的教学资源和临床教学经验。
中山临床医学院则以建设“第一个复旦”为契机，推进医教协同和科教联动，培养能够肩负起护佑民众健康重任的医师科学家。
此外，复旦大学上海医学院临床医学院在2025年博士研究生招生中实行“申请-考核”制选拔办法。
这些学院通过改革和创新，致力于培养具有人文关怀和创新能力的医学人才，以应对当前社会对科技人才的迫切需求，并推动医学教育的进一步发展。