日本大学与大学院的主要区别体现在以下几个方面：
学位不同
日本大学颁发本科学历。
大学院颁发研究生学历（修士）和博士生学历。
学制不同
日本大学的学制通常是四年制。
大学院的修士（硕士）学制一般为两年，博士学制通常为三年，医学博士为四年制。
组织机构不同
日本大学是独立的高等教育机构。
大学院通常是大学内部的进一步学习机构，不是独立机构，分为前期（硕士教育）和后期（博士教育）。
职能定位
大学侧重于本科教育。
大学院侧重于更高层次的研究教育。
以上信息基于最近更新的参考资料，有助于了解日本高等教育体系中大学和大学院的不同角色和结构