日本大学和日本大学院在 学位、学制和组织机构等方面存在一些区别。
学位不同
日本大学颁发本科学历。
日本大学院颁发研究生学历和博士生学历。
学制不同
日本大学的学制一般为4年。
日本大学院的课程设置一般分为博士前期课程（2年制，类似中国的硕士研究生阶段）和博士后期课程（3年~5年，类似中国的博士研究生阶段）。
组织机构不同
日本大学是一个独立的高等教育机构，与中国的大学定义相同。
日本大学院并不是独立的机构，而一般是大学里面的分支机构，属于大学内部进一步学习的机构，没有独立的行政层面。
总结：
日本大学主要培养本科生，而日本大学院则专注于培养研究生和博士生。在学制方面，大学通常为4年，而大学院则根据不同的课程分为2年制硕士和3年~5年制博士。在组织结构上，大学院作为大学内部的组成部分，没有独立的行政地位。
建议：
学生在选择留学时，可以根据自己的学术目标和职业规划，明确是选择本科还是研究生阶段的学习，并了解不同大学的具体课程设置和入学要求，以便做出更合适的选择。