国防科技大学现设有以下院系：
航天与材料工程学院
理学院
机电工程与自动化学院
电子科学与工程学院
信息系统与管理学院
计算机学院
光电科学与工程学院
人文与社会科学学院
指挥军官基础教育学院
军事高科技培训学院
前沿交叉学科学院
智能科学学院
系统工程学院
空天科学学院
国际关系学院
信息通信学院
电子对抗学院
气象海洋学院
军事基础教育学院
第六十三研究所
研究生院
基础部
炮兵学院
工程兵学院
政治学院
继续教育学院
学员旅
这些院系涵盖了理学、工学、军事学、管理学、法学、文学等6个门类，形成了“以工为主、理工军管文结合、加强基础、落实到工”的综合性学科专业体系。