明朝的高等教育机构主要包括以下几类：
国子监：
明朝的最高学府，相当于现代的国家级重点大学。国子监的学生被称为监生，其来源包括官员子弟、府州县学生员等。
太学：
始建于正统八年（1443年），但迁都北京后逐渐废弛。太学是中央官学，主要培养士子。
宗学：
贵族学校，只收世子、长子、众子、尚不到成年人的将军中尉及10岁以上的宗族子弟。宗学以学习祖训、孝道为主。
武学：
洪武年间创立，原只在大宁等卫儒学内设置，英宗时正式在北京、南京设立武学，教导武官子弟。
医学：
明朝设有医学机构，专门培养医学人才。
阴阳学：
明朝设有阴阳学，研究天文、地理、占卜等。
四译馆：
负责翻译外国文献，促进中外文化交流。
此外，还有一些地方学校和书院，如府学、州学、县学、民间社学、书院等，这些学校在地方层面培养人才，选拔官吏，教化人民。
总结来说，明朝的高等教育体系以国子监为核心，其他学府如太学、宗学、武学、医学等各有特色，共同构成了明代的高等教育体系。同时，地方学校和书院也在地方层面发挥了重要作用。