南沙新区目前拥有至少11所高等院校，包括：
1. 香港科技大学南沙分校
2. 香港科技大学霍英东研究院
3. 牛津大学（广州）创新发展中心
4. 上海海事大学粤港澳大湾区供应链研究院
5. 广东外语外贸大学
6. 中山大学南沙校区
7. 广东药科大学
8. 中山大学南沙科技学院
9. 中山大学南沙珠江学院
10. 广东金融学院
11. 广州大学南沙校区
12. 广州大学南沙科技学院
13. 中国科学院大学广州校区
14. 广州海洋大学研究生院
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