大学院校代码不同的原因主要有以下几点：
代码变更：
学校可能在一定时间内进行了代码的变更，例如由原来的省级代码变更为国家级代码，或由原来的本科代码变更为独立学院代码等。
子校代码：
有些大学在不同校区、不同学院或者不同专业之间会有不同的代码，这些代码称为子校代码。
统计口径不同：
不同的部门或机构可能在不同的统计口径下对学校进行编号，例如教育部、人力资源社会保障部、国家体育总局等。
学校代码与院系代码：
有些大学为了管理方便，将学校的整体机构与各个院系进行了区分，并为它们分配了不同的代码。学校代码通常代表整个学校，而院系代码则代表具体的院系或学院。
学校代码与招生代码：
有些大学在招生过程中，为不同的专业或招生计划设立了不同的代码。这些代码用于标识不同的专业或招生计划，以便在招生录取和管理过程中进行区分。
不同的教育管理部门、招生机构或者不同的招生批次：
由于这些因素，同一所学校可能会有不同的代码系统，具体情况可能因学校而异。
合并或更名：
大学可能会经历合并或更名的情况，这可能导致出现不同的代码。在这种情况下，旧有的学校代码可能被更改或合并为一个新的代码来代表整个学校。
系统、部门或课程区分：
大学的不同系统、部门或课程可能需要独立的代码进行标识。例如，学生管理系统、图书馆系统或课程注册系统可能对每个系统的功能或用途进行分类和管理，因此需要不同的代码来区分。
招生批次：
不同的招生批次可能会有不同的院校代码，以便在招生过程中进行区分和管理。
中外合作办学：
有些学校的中外合作办学专业会有不同的代码，因为这些专业的学费很高，教学方式也有很大不同。
分校、异地校区：
分校和异地校区在办学水平、管理体制上等大多与本部存在着一定的差距，因此可能会有不同的代码。
综上所述，大学院校代码不同主要是由于代码变更、子校代码、统计口径不同、学校与院系的区分、招生代码的设立、不同的教育管理部门、招生机构或招生批次、合并或更名、系统或课程的区分、中外合作办学以及分校、异地校区等多种原因造成的。这些代码系统的设计旨在方便学校的管理、数据统计和招生工作，同时确保在不同情境下能够准确标识和区分不同的院校。