截至2024年，南方科技大学设置的学院包括：
理学院
数学系
物理系
化学系
地球与空间科学系
统计与数据科学系
工学院
电子与电气工程系
材料科学与工程系
环境科学与工程学院
海洋科学与工程系
力学与航空航天工程系
机械与能源工程系
计算机科学与工程系
生物医学工程系
深港微电子学院
系统设计与智能制造学院
生命科学学院
生物系
生物技术
生物信息
系统生物学系
化学生物学系
基础免疫与微生物学系
神经生物学系
医学院
医学神经科学系
药理学系
生物化学系
人类细胞生物和遗传学系
公共卫生及应急管理学院
商学院
金融系
会计系
市场营销系
信息系统与管理工程系
大数据管理与应用
人文社会科学学院
人文科学中心
社会科学中心暨社会科学高等研究院
高等教育研究中心
语言中心
艺术中心
未来教育研究中心
创新创业学院
创新设计系
创业管理系
创新创意设计学院
思想政治教育与研究中心
体育中心
此外，南方科技大学还设有致仁书院、树仁书院、致诚书院、树德书院、致新书院、树礼书院等六个书院。
建议以南方科技大学官方网站或相关招生公告为准，因为学院设置可能会有变动。