南京大学是中国著名的一所综合性大学，其院系设置丰富多样，涵盖了广泛的学科领域。以下是南京大学的主要院系及其下属单位的专业设置：
文学院
文学系
语言学系
文献学系
戏剧影视艺术系
大学语文部
哲学系（宗教学系）
南京大学马克思主义研究院
中华文化研究院
旭日佛学研究中心
儒学与基督教比较研究中心
中国哲学与宗教文化研究所
犹太文化研究所
现代逻辑与逻辑应用研究所
科学技术与社会研究所
东方哲学与宗教文化研究所
东方道德研究中心
历史学院
中国历史系
世界历史系
考古文物系
理学院
数学系
天文学系
物理学院（包括物理学系、现代物理系、光电科学系、声科学与工程系、基础物理教学中心）
地球科学与工程学院
地球科学系
水科学系
地质工程与信息技术系
大气科学学院
气象学系
大气物理学系
地理与海洋科学学院
国土资源与旅游学系
城市与区域规划系
地理信息科学系
海岸海洋科学系
计算机科学与技术系
南京大学计算机软件研究所
南京大学计算机应用研究所
南京大学多媒体计算技术研究所
南京大学软件工程中心
南京大学信息安全研究所
新闻传播学院
新闻与新媒体系
广播电影电视系
应用传播系
商学院（经济学院）
经济学系
国际经济与贸易系
金融与保险学系
产业经济学系
人口研究所
管理学院
工商管理系
会计学系
电子商务系
市场营销系
人力资源管理学系
外国语学院
英语系
俄语系
日语系
德语系
法语系
西班牙语系
朝鲜语专业
法学院
中德法学研究所
中国法律案例研究中心
私法研究所
法典评注研究中心
犯罪预防与控制研究所
住宅政策与不动产法研究中心
经济法研究所
经济刑法研究所
紫金知识产权研究中心
商法研究中心
生命科学学院
生化系
生物科学与技术系
生态学
生物技术
政府管理学院
政治学系
行政管理学系
劳动人事与社会保障系
马克思主义学院
中国特色社会主义理论研究中心
信息管理学院
图书档案系
信息管理科学系
出版科学系
社会学院
社会学系
心理学系
社会工作与社会政策系
艺术学院
艺术理论与创意系
美术与设计系
文化艺术教育中心
化学化工学院
化学系
高分子科学与工程系
化工系
环境学院
环境科学
环境工程
环境规划与管理
医学院
临床医学
基础医学
口腔医学
软件学院
软件工程系
信息系统工程系
嵌入式技术系
工程管理学院
管理科学与工程系
控制与系统工程系
光通信工程研究中心
匡亚明学院（基础学科教育学院）
大学外语部
体育部
艺术研究院
建筑与城市规划学院
建筑系
城市与区域规划系
南京大学中法城市•区域•规划科学研究中心
南京大学-剑桥大学建筑与城市合作研究中心
南京大学-雪城大学绿色建筑与城市环境国际研究中心
海外教育学院
对外汉语
汉语言系
中外文化研究所
31. 创新创业学院