截至2024年，上海交通大学设有30个本科教学单位，85个本科专业。这些专业涵盖了经济学、法学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学和艺术等九个学科门类。其中，工学专业有38个，包括船舶与海洋工程、环境科学与工程、生物工程、生物医学工程、信息工程、机械工程、材料科学与工程、临床医学、工程力学、口腔医学等王牌专业。
此外，2024年新增的3个本科专业为环境设计、健康科学与技术以及运动训练。
上海交大共有60个专业入选国家级一流本科专业建设点，3个专业入选省级一流本科专业建设点。其中包括11个通过工程教育专业认证，3个通过医学类专业认证，15个入选“卓越工程人才”计划2.0专业，1个入选“卓越法治人才”计划2.0专业，4个。
具体专业设置情况如下：
船舶海洋与建筑工程学院：
船舶与海洋工程、土木工程、交通运输等。
工程力学：
工程力学（强基计划）。
机械与动力工程学院：
机械工程、能源与动力工程等。
电子信息与电气工程学院：
自动化、信息工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、信息安全、软件工程、微电子科学与工程等。
材料科学与工程学院：
材料科学与工程。
环境科学与工程学院：
环境科学与工程。
生物医学工程学院：
生物医学工程。
航空航天学院：
航空航天工程。
智慧能源创新学院：
电气工程及其自动化（产教融合培养班）。
化学化工学院：
化学工程与工艺、化学（含高分子方向）。
致远学院：
数学与应用数学、物理学、计算机科学与技术、化学、生物科学、生物医学科学等。
海洋学院：
海洋科学（物理海洋与观测技术）、海洋科学（化学、生物与地质海洋）。
生命科学技术学院：
生物技术、生物工程等。
农业与生物学院：
农业资源与环境、动物科学、食品科学与工程、植物科学与技术等。
药学院：
药学、临床药学（五年制）。
安泰经济与管理学院：
金融学、经济学、工商管理、会计学、人力资源管理、信息管理与信息系统等。
凯原法学院：
法学。
外国语学院：
英语、日语、德语。
人文学院：
汉语言文学（中外文化交流）。
国际与公共事务学院：
行政管理。
媒体与传播学院：
传播学、广播电视编导、文化产业管理。
设计学院：
工业设计、建筑学、视觉传达设计（含环境设计）、风景园林。
上海交大密西根学院：
电子信息类（全英语授课）、机械工程、电子与计算机工程、材料科学与工程、机械工程（未来技术方向）、电子与计算机工程（未来技术方向）、材料科学与工程（未来技术方向）。
上海交大巴黎高科卓越工程师学院：
电子信息类（零法语基础，英语+法语授课）、信息工程、机械工程、能源与动力工程、机械类（零法语基础，英语+法语授课）、法语（零法语基础，英语+法语授课）。
理科试验班类：
数学与应用数学、统计学、物理学、应用物理学、天文学等。
工科创新人才培养平台：
海洋工程类、机械类、电子信息类、材料科学与工程、生物医学工程、航空航天工程、海洋科学（物理海洋与观测技术）、电子信息类（交大密西根学院、未来技术学院）、机械类（交大密西根学院、未来技术学院）、材料类（交大密西根学院、未来技术学院）、电子信息类（交大-巴黎高科卓越工程师学院）、机械类（交大-巴黎高科卓越工程师学院）。
自然科学试验班：
化学、化学工程与工艺、环境科学与工程、生物工程、海洋科学（化学、生物与地质海洋）、药学。
文科创新人才培养平台：
法学、汉语言文学（中外文化交流）、行政管理、传播学、广播电视编导、文化产业管理。
医学院：
临床医学（本博连读）、临床医学（本博连读法语班）、临床医学（五年制）、临床医学（儿科学方向5+3）、临床医学（英语班）、口腔医学（本博连读