大学院长被视为副部级的原因主要在于 高校的上级主管行政部门在配备高校领导干部时明确了高校领导干部的行政级别。虽然高校本身作为事业单位并不具备行政级别，但由于这些行政级别的明确配备，使得高校及其领导干部（如院长）在行政级别上呈现出副部级的特征。特别是在一些中管高校，即中央直接管理的学校，其书记和校长会高配为副部级领导，因此这些学校也被称为副部级大学。这种安排主要是为了在行政管理和资源配置上与国家层面的行政级别相对应，以便更好地进行管理和协调。
需要注意的是，这种副部级的配置并不是所有高校都具备，而是特定于一些中央直属的高校。对于大部分高校而言，校长和院长可能享受的是厅局级或副厅局级的待遇，但学校的行政编制仍旧为正局级或副厅局级。