在东京留学时，缴纳水费的方法有以下几种：
通过银行账户转账
可以通过日本国内的银行进行转账支付，将水费、燃气费、电力公司的账号告诉银行即可完成转账。
使用移动支付工具
可以利用LINE Pay账户进行支付。首先注册并绑定银行卡，然后通过扫描账单上的二维码即可完成支付。
通过学校或相关机构缴纳
学生水费的缴纳一般由学校或相关机构负责，可能包括在线支付平台、银行转账或支票等方式。
便利店缴费
电力公司或自来水公司可能会提供缴费单，你可以拿着缴费单到附近的便利店进行缴费。
建议选择最方便的方式进行缴纳，例如经常使用LINE Pay的同学可以直接通过LINE Pay进行支付，而需要频繁缴纳水费的同学则可以通过银行账户转账，确保及时到账并避免忘记缴纳。