南京大学的专业设置涵盖了广泛的学科领域，以下是一些主要学院及其专业设置：
文学院
汉语言文学
戏剧影视文学
哲学系·宗教学系
哲学
历史学院
历史学
考古学
物理学院
物理学
应用物理学
声学
数学系
数学与应用数学
信息与计算科学
天文与空间科学学院
天文学
空间科学与技术
地球科学与工程学院
地质学
地球化学
水文与水资源工程
地质工程
地下水科学与工程
地球物理学
大气科学学院
大气科学
应用气象学
地理与海洋科学学院
地理科学
自然地理与资源环境
地理信息科学
海洋科学
人文地理与城乡规划
计算机科学与技术系
计算机科学与技术
电子科学与工程学院
电子信息科学与技术
通信工程
微电子科学与工程
集成电路设计与集成系统
现代工程与应用科学学院
材料物理
材料化学
光电信息科学与工程
新能源科学与工程
生物医学工程
新闻传播学院
新闻学
广播电视学
广告学
商学院（南京大学经济学院）
经济学
财政学
国际经济与贸易
金融学
保险学
金融工程
商学院（南京大学管理学院）
工商管理
会计学
财务管理
电子商务
市场营销
外国语学院
英语
俄语
日语
德语
法语
西班牙语
朝鲜语
国际商务系
法学院
法学
生命科学学院
生物科学
生态学
生物技术
政府管理学院
政治学
行政管理
劳动人事与社会保障
马克思主义学院
中国特色社会主义理论研究中心
信息管理学院
信息管理与信息系统
图书馆学
编辑出版学
档案学
社会学院
社会学
社会工作
应用心理学
艺术学院
艺术理论与创意系
美术与设计系
文化艺术教育中心
化学化工学院
化学
应用化学
环境学院
环境科学
环境工程
环境规划与管理
医学院
临床医学
基础医学
口腔医学
软件学院
软件工程
信息系统工程
嵌入式技术系
工程管理学院
管理科学与工程系
控制与系统工程系
光通信工程研究中心
管理-控制一体化实验教学中心
匡亚明学院（基础学科教育学院）
-
大学外语部
-
31. 体育部
-
32. 艺术研究院
-
33. 中美文化研究中心
-
34. 建筑与城市规划学院
建筑学
城乡规划
35. 海外教育学院
对外汉语
汉语言系
中外文化研究所
研究生教研室
短期培训部和对外汉语教学研究与教材研发中心