选择南通的留学指南时，可以考虑以下几个因素：
客户推荐度和口碑
新东方前途留学：客户推荐度7.5分，费用在3-8万人民币之间，申排名靠前的学校额外收费。咨询师专业度较高，能够详细描述推荐学校的情况，并提供数据支持。但顾问人数较多，能力水平参差不齐，新咨询师比例较大，需要仔细筛选。
新通留学：客户推荐度7.5分，费用在3-6万人民币之间，后期有名校费，申不上可部分退费。顾问老师整体能力较强，服务态度热情，前期咨询细节掌握程度高，能制定合适的申请方案。文案部较稳定，但其他地区情况不详。
服务内容和质量
新东方前途留学：提供留学一站式服务，包括考试培训、留学规划、学校申请、文书制作辅导、签证服务等。文书可以修改，效率较高，但存在文书转外包的现象，流程透明度一般。
新通留学：提供留学一站式服务，业务范围广泛，服务体系完善。顾问老师专业知识深厚，有统一的绩效制度，但新人比例较高，可能影响专业度。
费用和退费政策
新东方前途留学：费用在3-8万人民币之间，申排名靠前的学校额外收费。申不上可退费一半。
新通留学：费用在3-6万人民币之间，后期有名校费。申不上可退费50%。
顾问团队和专业度
新东方前途留学：顾问人数较多，能力水平不一，新咨询师比例大，需要仔细筛选。
新通留学：顾问老师整体能力较强，服务态度热情，但新人比例较高，可能影响整体专业度。
文书原创性和透明度
新东方前途留学：文书原创性一般，流程透明度不太好，存在文书转外包现象。
新通留学：文书原创性未明确提及，但整体服务体验较好，顾问专业知识培训较重视。
建议
选择知名度高且口碑好的机构：新东方前途留学和新通留学都是国内知名的留学服务机构，客户推荐度较高，可以作为重点考虑对象。
重视顾问的专业能力和经验：选择顾问老师经验丰富、专业度高的机构，以确保申请过程顺利。
详细了解文书制作流程：询问清楚文书是否原创、制作流程是否透明，避免后期出现问题。
考虑费用和退费政策：选择费用合理且退费政策明确的机构，以减少后期风险。
综合考虑以上因素，新东方前途留学和新通留学都是不错的选择，具体选择可以根据个人需求和偏好进行。建议先进行详细咨询，了解各机构的具体服务内容和细节，再做最终决定。