不通过中介申请日本留学需要自己完成一系列步骤，以下是一个基本的指南：
选择学校
根据自己的留学目的（升学、就职、转其他签证等）选择合适的学校。
可以通过学校的官方网站或直接联系学校获取更多信息。
准备申请材料
日语能力：必须通过JLPT N1或N2考试。
入学资料：包括合格证书、成绩单、推荐信等。
身元保证书：由保证人提供，证明有足够的经济能力支付留学费用。
办理护照
前往当地出入境管理中心办理护照，通常需要20日以内。
申请在留资格
准备好所有必要的申请材料后，通过EMS或其他邮寄方式提交给日本学校。
学校审核材料后，将资料发送到日本入国管理局。
等待入国管理局的审查，通常需要2-3个月。
签证申请
通过入国管理局审查后，会获得在留资格证。
携带在留资格证和其他必要文件，亲自或通过旅行社向日本驻华使馆申请签证，通常需要5-10个工作日。
其他手续
办理入学手续，包括缴纳学费等。
如果需要，还可以申请奖学金或助学金。
建议
提前规划：提前准备，确保所有材料在申请前准备齐全。
注意时间：入国管理局和使馆的审查时间较长，务必提前规划好时间。
自学日语：如果日语能力不足，建议提前开始自学，并参加JLPT考试。
信息搜集：多了解学校和专业的信息，选择最适合自己的学校。
保持沟通：在申请过程中，保持与学校和入国管理局的沟通，及时解决问题。
通过以上步骤，你可以独立完成日本留学的申请过程。虽然这个过程可能比较复杂，但只要认真准备，成功率还是比较高的。