日本留学需要准备的主要证件包括：
护照：
作为国际旅行的重要证件，必须确保护照有效期至少还有六个月。
签证：
根据学习层次和目的，可能需要不同类型的签证，如学生签证（4-1-16签证或4-1-16-3签证）。
在留卡：
这是日本入国管理局发给在日本中长期停留的外国人的证件，是合法居留的证明。
入学许可证：
由日本学校颁发，证明学生有权进入学校学习。
印章：
日本常用印章，用于签署文件等，通常使用直径13-16毫米的圆章。
身份证及复印件：
用于证明个人身份。
最高学历毕业证书及成绩单：
证明教育背景和学习成绩。
日语学习证明：
证明日语水平达到要求。
经济担保证明：
包括经费担保人的在职证明、收入证明和经费支付书等。
亲属关系公证：
部分情况下需要证明申请人与经费担保人的亲属关系。
其他可能需要的文件：
如银行存款证明、户口本复印件、照片等。
请根据具体情况准备相应的文件，并确保所有文件都是最新的和有效的。