李琳选择留在学校的原因可以从以下几点进行总结：
学术成就：
李琳在基因学领域有着卓越的成就，她在国内基因遗传学领域提供了理论基础，并在Cell等核心期刊上发表了多篇研究论文，这表明她在学术界具有一定的影响力和认可度。
破格提升：
南医大为了留住李琳这样的优秀人才，破格让她成为博士生导师。这种破格提升通常针对的是真正稀缺的人才，而李琳正是这样的稀缺人才。
教育环境：
南医大可能提供了有利于李琳继续研究和发展的教育环境，这对于她继续从事科研工作是非常重要的。
个人职业规划：
李琳选择留在南医大担任博士生导师，可能意味着她对于教育和培养下一代人才的热情，而不仅仅是为了薪酬。
社会认可：
圈内学者认为李琳的能力完全配得上她的薪酬，甚至认为给她的薪酬偏低，这反映了社会对她能力的认可和尊重。
情感投资：
对于家长来说，让孩子走艺术或科研之路是一种情感的投资，同时也是一种对孩子未来的规划。李琳可能也受到了家庭的支持和鼓励，愿意继续留在学术领域内发展。
综上所述，李琳选择留在学校是由于她在学术上的卓越成就、南医大的政策支持、对教育和科研环境的满意，以及个人职业规划和对社会的贡献意愿。