日本留学档案的存放方式主要有以下几种：
户口档案留校
优点：学校代为保管户口关系和档案，提供就业咨询、就业信息、就业指导等服务，且通常不收取额外费用。
缺点：不是所有学校都提供这项服务，且通常免费保留的年限为两年，超过期限后，如果没有接收单位，档案会被打回原籍。
人才市场
优点：手续简便，免费，留学期间档案空白，但失去了应届生的身份，可能会影响就业和享受国家补贴、福利。
缺点：留学期间档案空白，且无法开具涉及人事关系的证明。
教育部留学服务中心
优点：提供“一站式”服务，包括出国留学和留学回国工作等手续，时间灵活，即使已经出境，仍可存放档案，并可委托他人代办存档手续。
缺点：留学期间档案空白，且无法开具涉及人事关系的证明。
注意事项：
档案不能放在个人手中保管，必须由有保存档案资质的机构以机密形式寄出。
存放档案时，应确保在规定的期限内处理档案转递手续，避免档案丢失。
留学服务中心直属教育部，为出国留学人员提供专业的档案代管服务。
选择合适的档案存放方式，可以确保档案的安全和顺利使用，尤其是在留学和回国就业的过程中。