如果您计划从香港出发前往日本留学，并且已经持有日本留学签证，根据提供的信息，您应该只需要携带护照和机票就可以通关。不过，请注意以下事项：
签证要求：
确保您的日本留学签证是有效的，并且符合入境要求。
通关文件：
通常情况下，中国内地居民过境香港前往日本，持有有效中国护照和日本签证即可通关。
中转情况：
如果您计划在上海中转，并且遇到航空公司因缺少港澳通行证拒绝提供登机牌的情况，建议您提前与航空公司沟通解决，或者确认是否需要其他额外文件。
边检要求：
通关时，您可能需要向边检人员出示您的护照和签证，以及机票预订信息。
建议您在出发前再次确认最新的通关政策和要求，以免出现不必要的麻烦。祝您旅途愉快!