在日本留学的学生打工所应缴纳的税金主要包括国税和地方税。以下是具体的缴税规则：
免税额度：
留学生在日本有38万日元的免税额度，即年收入不超过此额度可免税。
税率：
超过免税额度后，通常适用20%的税率。
国税：
从工资中直接扣除的称为源泉所得税，税率根据居住时间（1年以上或不满1年）和工资额度（超过100万日元）有所不同。
地方税：
除了国税外，还需缴纳都道府县税或市乡村税等地方税。
确定申告：
每年2月16日至3月15日之间，纳税人需进行确定申告，申报扣除必要费用后的总收入额，以确定最终的税额。
举例来说，如果一个留学生的年收入为50万日元，超过免税额度38万日元的部分为12万日元，那么需要缴纳的所得税为12万日元的20%，即2.4万日元。
请注意，税法可能会有更新，具体情况建议咨询专业的税务顾问或日本税务局