日本留学保证金办理流程通常包括以下几个步骤：
准备资金
将所需资金以定期存款的形式存入银行，存期为半年。
推荐存入中国四大银行之一（工商银行、农业银行、中国银行、建设银行），以增加可信度。
开具存款证明
向银行申请开具存款证明，证明你在银行存有特定金额的资金，并注明存期和货币种类。
存款证明需要冻结，冻结期通常为3至6个月，直至签证申请通过。
提交材料
将存款证明原件和存单的彩色复印件提交给日本入国管理局。
如果资金由他人提供，需要提供资金来源证明，如父母的收入证明和银行流水。
注意事项
存款证明最好为20万人民币，16-18万也可以接受。
存款证明的开具时间建议在材料提交入管局前夕，至少开具3个月以上，6个月则更有利于签证。
确保所有提交的材料在信息上保持一致，无矛盾或冲突内容。
经济担保人的年收入通常要求12万以上，相关证明需要公证。
请确保按照以上步骤准备和提交所有必要的文件，以避免在签证申请过程中出现不必要的延误。