北京留学服务中心存档的流程如下：
1. 访问教育部留学服务中心官网，即中国留学网的留学存档页面。
2. 进行新用户注册，注册完毕后，登录账户。
3. 填写“存档人员登记表”和“在线申请”，并打印出一份。
4. 准备以下个人材料：
存档人员登记表
护照首页（照片页）复印件
国外录取院校的录取通知书复印件
已获得留学国家的签证页复印件
存档人员身份证复印件
如果适用，提供“在读证明”复印件
5. 提交申请并等待审核。
6. 审核通过后，根据留服提供的“调档通知单”到原档案保管机构进行调档。
7. 将取回的个人密封档案袋存入留学服务中心的留学人员档案室。
8. 如有需要，留学服务中心可提供档案转接、咨询等服务。
请注意，教育部留学服务中心的档案室只设在北京，且每天发放的号码有限。如果不在北京，可以选择通过电子邮件申请的方式办理存档手续。