申请日本博士的流程如下：
了解申请院校的出愿时间
日本高校的出愿通常有春、秋季两期，分别在7月和12月。选择7月出愿可以与国内硕士课程无缝衔接。
整理个人资料
常用资料包括：毕业证明、学位证明、成绩单（日语/英语）、语言成绩、发表论文及毕业论文、获得的奖项等。
选择心仪研究室
访问学校官网，了解各研究室的详情，并选择与自己研究方向相匹配的研究室。
联系心仪教授
通过邮件与教授取得联系，邮件内容应包括简历、教授喜好、自身亮点、研究室与自身优势的关系、对教授研究方向的兴趣及科研能力展现等。
面试准备
准备自我介绍及过往研究内容的介绍，针对研究室风格回答问题。教授在博士招生时非常谨慎，可能会进行多轮考察。
研究计划书
教授在了解申请者的学术背景后，会要求制定博士期间的研究课题。研究计划书需要特别注意提交时限、字数要求、参考文献数量等，并且会与申请人反复确认和修改。
准备并提交申请资料
拿到教授的内诺后，准备并提交所有申请资料，然后等待最终申请结果。
语言考试
日本语言能力是日本留学的必备条件，建议至少达到N2水平。同时，如果条件允许，考取托福成绩会提高竞争力。
前期材料准备
最好在本科最后一个学年第一学期完成所有前期材料的准备，以便在联系教授期间有足够的时间进行准备。
联系教授，申请研究生（预科）
最佳的联系教授期间是出愿期间开始前的半年。过早或过晚联系都可能影响申请结果。
出愿
在获得教授的内诺后，准备并提交所有申请资料，等待出愿结果。出愿后几个月会发表结果。
准备签证
如果通过出愿，准备签证事宜，然后入学。
入学考试
一些情况下，可能需要参加入学考试。如果感觉心仪大学的博士考试难度较大，可以先申请研究生（预科），经过半年到一年的学习后参加入学考试。
通过以上步骤，可以有效地申请日本博士项目。建议提前规划，充分准备，并在整个过程中保持与教授的沟通，以提高申请成功率。