更新日本留学签证的流程通常包括以下几个步骤：
准备材料
在留资格认定证明书
留学理由书
个人陈述书
誓约书（由日本大使馆签发，本人签名或盖章）
日本入境签证申请表
亲属关系表（由日本驻华使馆签发）
出勤证明书（由事务室提供）
成绩证明书（由担当老师提供）
身分保证书（由保证人填写）
保证人在职证明书
所得证明书（由保证人提供）
银行存折明细
在留卡原件及复印件
护照原件及复印件
在日生活开销的经济支持证明（如银行转账流水、存折复印件等）
如有打工情况，提供打工信息（公司名、所在地、电话号码、时薪、平均每周工作时间、公司种类和个人工作内容等）
递交材料
将上述材料递交至日本使领馆或出入国管理局。
缴费领签证
根据使领馆或出入国管理局的指示缴纳签证更新手续费。
等待审核
材料审核一般需要1-2周时间。
更新申请在居留期限的2个月之前就可以办理，建议在1个月到2个星期之前完成。
请注意，签证更新申请最晚应在签证到期前2周完成，以避免因逾期居留而带来的不便。如果有特殊情况，建议提前与相关机构沟通。
另外，从2022年3月开始，持有个人番号卡（My Number Card）的留学生可以在线上办理各种在留手续，包括签证更新，无需亲自到入管局窗口排队。