日本留学需要办理的证件主要包括：
护照：
作为国际旅行的身份证，确保护照在出发前至少还有6个月的有效期。
签证：
根据留学计划，可能需要申请学生签证（留学签证），具体类型有4-1-16签证和4-1-16-3签证。
在留资格认定书（COE）：
由日本法务省发放，证明你已获得在日本留学的资格。
在留卡：
日本入国管理局发给在日本中长期停留的外国人的证件，是合法居留的证明。
再入国许可：
中长期居留的外国人离境超一年需要申请再入国许可，否则将失去居留资格。
延长居留期限许可：
如超期继续学业，需办理延长居留期的手续。
资格外活动许可：
如果计划在日本打工，需要提前申请资格外活动许可。
国民健康保险证：
居住3个月以上的外国人必须加入国民健康保险，持有该保险证的留学生在就医时只需支付30%的医疗费用。
此外，根据具体情况，可能还需要准备以下材料：
学校申请表格
身份证正反面复印件
学历毕业证书原件或在读证明
成绩单
日语学习证明
经费担保人的相关证明
请在出发前仔细检查并准备齐全所有必需的文件，以确保顺利入境和居留日本