菏泽市目前至少有两所本科院校，分别是：
菏泽学院：
菏泽学院是一所全日制普通本科高校，位于山东省菏泽市。学院前身是创建于1949年的冀鲁豫区第二师范学校，历史曾更名为平原省立菏泽师范学校、山东省菏泽第一师范学校、菏泽师范专科学校。2017年，学校成为省级硕士培育建设单位。学校现有4个校区，占地面积1436亩，建筑面积57.74万平方米，设有21个教学单位，开办本科专业63个。
齐鲁工业大学菏泽校区：
齐鲁工业大学菏泽校区是山东齐鲁工业大学与菏泽市人民政府联合创建的一所高等教育院校。齐鲁工业大学始建于1948年，2013年，学校由山东轻工业学院更名为齐鲁工业大学。学校是山东省“应用型人才特色名校”立项建设单位和山东省“2011协同创新计划”立项建设单位。
因此，菏泽市至少有两所本科院校，分别是菏泽学院和齐鲁工业大学菏泽校区。