神户大学的本科专业设置非常丰富，涵盖了广泛的学科领域。以下是一些主要的专业设置：
文学院
人文学科：哲学、文学、史学、知识系统、社会文化
国际文化学部
国际文化学科：信息沟通学、现代文化论、异文化交流研究、区域文化研究
发展科学部
人类发展学科：发展心理学、儿童成长学、教育科学、初等教育学
人类行为学科：健康促进与教育学、行为发育学、运动科学
人类表现学科：人类表现论
人类环境学科：自然环境论、生活环境论、社会环境学、数学与信息学
经济学部
经济学科：经济体制分析、综合经济政策
经营学部
经营学科：经营学、会计学、商学
法学部
法学科：基础法学、公法、私法、政治学·国际关系学
理学部
数学科：机械数理、构造数理、应用数理
物理学科：理论物理学、粒子物理学、物性物理学
化学科：物理化学、无机化学、有机化学
生物学科：生物分子结构、生命信号传导、生物多样性
行星学科：基础行星学、新领域行星学
医学部
医学科：生命医学基本理论、临床医学个别指导、临床实践、综合医学
保健学科：护理学、检查技术科学、理疗科学、作业疗法
工学部
建筑学科：空间设计、建筑规划与建筑史、构造工学、环境工学
市民工学科：人类安全工学、环境共生工学
电气电子工学科：电子物理学、电子信息学
机械工学科：热流体、材料物理、设计与生产
应用化学科：物质化学、材料工学
信息智能工学科：信息基本理论、信息系统学、系统设计
农学部
食料环境系统学科：生产环境工学、食品环境经济学
生命资源科学科：应用动物学、应用植物学
海事科学院
海事技术管理学、海洋物流科学、海洋工程
神户大学的专业设置注重理论与实践相结合，旨在培养学生的综合素质和国际化视野。