菏泽学院截至2022年6月拥有64个本科专业，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学十大学科门类。具体专业包括化学工程与工艺、小学教育、财务管理等5个省高水平应用型专业群，生物工程、音乐学、体育教育等8个省一流本科专业，机械电子工程、食品科学与工程2个省级卓越工程师培养计划专业项目，以及省一流本科课程18门，省精品课程、双语教学示范课程23门。
此外，菏泽学院的王牌专业包括体育教育、生物科学、机械电子工程、化学工程与工艺、生物工程、财务管理、音乐学、自动化等。
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