本科专业建设存在的问题主要包括以下几个方面：
认识上存在偏差
新建本科院校由于办本科教育的历史较短，缺乏历史积淀，办学定位不明确，存在“贪大求全”的思想，导致盲目追求升格和综合性大学，脱离实际。
师资力量薄弱
教师队伍中，部分教师带有专科痕迹或习惯，专业负责人年轻且建设经验不足，对专业内容和方向把握不准，缺乏实践技能和产学研融合能力，真正的“双师型”教师数量不足。
硬件条件落后
由于专业发展迅速和经费投入不足，新建本科院校在实验室、实训室、实践教学基地等硬件条件方面存在明显不足，导致专业特色不鲜明、优势不突出、专业建设总体水平不高。
学科建设刚刚起步
新建地方本科院校的学科建设基础薄弱，存在认识不足、学科总体水平不高、优势特色学科不足、学科队伍不强、科研水平不高、学科经费不足等问题。
立项评审的客观性受质疑
特色专业建设项目的立项评审客观性受到质疑，特色不够突出，项目边界模糊，全员参与意识不够浓厚，科研化倾向明显，缺乏有效的指导与监督机制。
课程结构模式有缺陷
新建应用型本科高校的学科专业建设存在学科方向模糊、办学特色缺乏、课程结构模式不合理等问题。
优质资源转化不足
学科优质资源未能有效转化为优秀本科教育资源，专业建设对学科建设的促进作用得不到充分发挥，阻碍了本科人才培养质量的提高。
针对上述问题，建议采取以下措施：
明确办学定位
新建本科院校应明确办学定位，避免盲目追求升格，立足实际，办出特色。
加强师资队伍建设
提高教师培训力度，引进具有丰富实践经验和行业背景的教师，提升“双师型”教师比例。
改善硬件条件
加大经费投入，改善实验室、实训室等硬件设施，确保专业建设所需的硬件条件。
加强学科建设
提高对学科建设的认识，优先建设特色优势学科，构建学科体系，加强学科队伍建设，提升科研水平和经费投入。
创新特色专业建设机制
创新特色专业建设点遴选机制，加强过程监督，准确定位“特色”，优化人才培养方案。
促进产学研融合
探索产学研新模式，加强与企业的合作，提升学生的实践能力和创新能力。
通过以上措施，可以有效提升本科专业建设的质量和水平，培养出更多符合社会需求的应用型人才。