本科专业认证程序一般包括以下几个步骤：
申请与受理
工程教育认证工作在学校自愿申请的基础上开展。
按照教育部有关规定设立的工科本科专业，属于中国工程教育专业认证协会的认证专业领域，并已有三届毕业生的，可以申请认证。
申请认证由专业所在学校向秘书处提交申请书，申请书按照《工程教育认证学校工作指南》的要求撰写。
秘书处收到申请书后，会同相关专业类认证委员会对认证申请进行审核，重点审查申请学校是否具备申请认证的基本条件，根据认证工作的年度安排和专业布局，作出是否受理决定。
根据审核情况，可做出以下两种结论，并做相应处理：
受理申请，通知申请学校开展自评。
不受理申请，向申请学校说明理由。学校可在达到申请认证的基本条件后重新提出申请。
已受理认证申请的专业所在学校应在规定时间内按照国家核定的标准交纳认证费用，交费后进入认证工作流程。
自评与提交自评报告
自评是学校组织接受认证专业依照《工程教育认证标准》对专业的办学情况和教学质量进行自我检查，学校应在自评的基础上撰写自评报告。
自评的方法、自评报告的撰写要求参见《工程教育认证学校工作指南》。
学校应在规定时间内向秘书处提交自评报告。
自评报告的审阅
专业类认证委员会对接受认证专业提交的自评报告进行审阅，重点审查申请认证的专业是否达到《工程教育认证标准》的要求。
根据审阅情况，可做出以下三种结论之一，并做相应处理：
通过认证，通知学校。
不通过认证，但允许学校进行整改后再次申请。
不通过认证，且不再接受该专业的认证申请。
这些步骤确保了本科专业认证工作的规范性和有效性，旨在提高专业的教育质量和水平。