青岛农业大学的王牌本科专业包括 植物保护、食品科学与工程、园艺、农业机械化及其自动化等。这些专业在国家级和省级特色专业建设点中均有入选，且被广泛认为是学校最好的一些专业。
植物保护专业突出以经济社会发展、生态文明建设和现代农业发展需要为导向，培养具有环保意识，具备作物有害生物综合防治（IPM）能力的新型植保专业人才。该专业就业率超过98%，主要在各级植保部门、涉农大型企业、农业科技园区、出入境检验检疫局等从事检疫、测报、植保技术推广与开发、企业经营与管理等工作。
食品科学与工程专业培养学生掌握扎实的食品科学与工程学理论知识与应用技能，熟悉国内外食品行业发展相关政策、法律和法规，可在外向型企业、跨国公司、检验检疫机构、科研院所、餐饮、物流等食品产业链单位从事食品生产和经营管理、政府监管、技术经济分析、工厂设计、新产品开发、质量安全控制、科学研究、创业等工作。
园艺专业则涉及园艺植物的栽培、繁育、病虫害防治以及园林景观设计等方面，培养具备现代园艺科学知识和技术的人才，适用于园林、园艺企业、科研机构等领域。
农业机械化及其自动化专业则注重农业装备的研发和应用，培养具备农业机械化及其自动化装备设计、制造、应用和管理能力的人才，服务于农业现代化和农村经济发展。
这些专业因其高设置标准和广泛的行业应用而备受认可，建议对相关专业感兴趣的学生优先考虑。