菏泽学院的专科专业中，以下专业可能被认为是冷门专业：
应用心理学：
研究人类心理和行为，并将这些知识应用于解决实际问题的学科。
医学检验技术：
培养学生从事医学检验、病理学、体液、血液、组织的质量控制与质评，以及相关技术管理工作的专业。
医学影像技术：
培养学生能够使用医学影像设备进行影像检查及相关技术的专业。
康复治疗技术：
培养学生从事康复治疗技术操作，包括康复评估、功能训练、康复辅助装置适配等的专业。
医学营养与食品卫生：
研究人体营养需求与摄入，以及食品卫生与安全相关知识的专业。
历史学专业：
由于地理位置和就业市场的需求，历史学专业的报考人数相对较少。
哲学专业：
哲学作为一门研究基本问题的学科，在当前的就业市场中需求相对较小。
汉语言文学专业：
虽然汉语言文学在很多院校是热门专业，但在菏泽学院，由于招生名额较多，竞争相对较小，因此也被视为文科冷门专业。
地理科学专业：
地理科学专业在我国的就业市场上需求相对较小。
这些专业的冷热门程度可能因地区、行业需求、招生名额以及就业情况等因素有所变化。建议学生在选择专业时，综合考虑自己的兴趣、职业规划以及市场需求，做出更为明智的选择。