设置本科专业主要涉及以下部门：
教育部
教育部负责专业设置的宏观管理，明确专业设置标准，引导学校科学合理设置专业。
教育部印发相关通知，对本科专业设置工作作出部署，旨在培养国家战略人才和急需紧缺人才，提升教育对高质量发展的支撑力和贡献力。
省级教育部门
省级教育部门根据区域产业布局和专业布点情况，结合学校办学条件，对学校专业设置进行事前指导，并加强事中、事后监管。
省、自治区、直辖市教育行政部门统筹协调本行政区域内高等学校的专业设置、调整工作。
学校主管部门
高等学校设置、调整专业目录外的专业，由学校主管部门按规定程序组织专家论证并审核，报教育部批准。
学校申请设置、调整由学校主管部门审批的专业，应向学校主管部门提交相关书面材料，由学校主管部门审批后报教育部备案。
总结：
设置本科专业主要是由教育部进行宏观管理和政策指导，省级教育部门负责具体的事前指导和监管，而学校主管部门则负责具体的申请、审核和备案工作。