新建本科专业投入不足的问题主要体现在以下几个方面：
经费短缺
新建地方本科院校的投资主体多为地方政府，缺乏长期稳定的投资机制。投资规模取决于当地财政状况和地方领导的投资偏好，有的学校甚至以学费为由不进行投资。
由于长期投入不足，教学设施如教学仪器设备、图书资料、体育场馆等大多面临淘汰。很多学校为了升本而贷款建校，负债累累，没有超常规的加大投入，难以达到本科办学条件的要求。
师资问题
师资数量不足，质量不高，结构不合理。不少学校连年扩招，规模急剧扩大，升本后师资数量问题没有解决，教育质量和学科结构成为突出问题。不同学科专业间教师比例不平衡，某些传统专业教师人数相对较多，而工科或新增设的热门专业师资严重不足。
由于教学任务繁重，经费紧张，教师外出学习、进修机会少，导致学术视野窄，学术水平较低。
硬件设施不足
新建地方本科院校起点低，建设任务重，需要大量经费投入。无论是硬件还是软件上都必须加大资金投入，如实验室建设、优秀教师引进及青年教师培训、学科专业建设、实习实训基地建设等。
由于财政拨款相对较少，新建本科院校要达到教育部规定的普通高等学校本科教学水平评估标准，建设任务非常繁重。
创收能力有限
部分新建本科院校通过校内办班创收、校外办班及对外科技服务等手段来增加收入，但这些方式创收能力有限，难以从根本上解决经费短缺问题。
专业建设投入不足
新建地方本科院校在专业建设上投入力度不够，专业增设、调整的步伐缓慢，专业人才培养方案与培养高水平应用性人才存在差距。需通过确立标准、明确细则等制度改革及保障性措施推进专业建设。
综上所述，新建本科专业投入不足的问题较为突出，需要地方政府、教育部门和学校自身共同努力，加大投入，改善办学条件，提高师资水平，优化专业结构，以实现高等教育的高质量发展。