填写专科专业系别的方法如下：
根据所学专业填写
填写专科学位类别时，需要根据自己所学专业的学科门类、专业类别和授予单位来选择填写。学科门类包括工学、文学、法学等，专业类别如机械设计制造、中文语言文学、法律事务等，授予单位一般为学校名称。
参照毕业证书上的专业
填写专业类别的那一栏，可以根据本人毕业证书上的专业来填写，这样填写的准确性高。专业类别一共有十三类，包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学和艺术学。
注意院系与专业的关系
大学里的院系，院一般指的都是学院，比如管理学院、法学院这种，系指的就是院里面的专业，比如中文系、哲学系这种。因此，填写时要注意区分院系和专业。
根据学校实际情况填写
由于每个学校的人数不同，人少的学校学院下面就是专业，人多的学校学院下面会分出系，系之下才是专业。所以各个学校的分法不同，没有一定之规，可以根据自己学校的实际情况来填写。
综上所述，填写专科专业系别时，建议根据自己所学专业的具体名称来填写，同时参照毕业证书上的专业名称，以确保准确无误。如果不确定具体填写方式，可以向所在学校的相关部门咨询以获得更详细的指导。