制药工程本科专业能力主要包括以下几个方面：
理论知识与技能
熟练掌握化学制药、生物制药、中药制药、药物制剂技术与工程的基本理论和基本知识。
掌握药物生产装置工艺与设备设计方法的相关知识与技能。
具备进行药品工业化生产、全程质量管理及各类药品检验分析的基本能力。
研究与开发能力
具有对药品新资源、新产品、新剂型进行研究、开发和设计的初步能力。
了解制药工程与制剂方面的理论前沿动态，以及新工艺、新技术与新设备的发展趋势。
政策与法规
熟知国家关于化工与制药生产、设计、研究与开发、环境保护等方面的方针、政策和法规。
职业道德与社会责任
具有良好的职业道德、高度的社会责任感、较强的产品质量意识和一定的国际化视野和社会交流能力。
创新与独立获取知识的能力
具有强烈的创新意识和独立获取新知识的能力，以适应不断发展的制药工程领域的需求。
实践技能与工程应用
受到化学与化工实验技能、工程实践、计算机应用、科学研究与工程设计方法的基本训练。
能够综合运用所学的制药工程科学理论，分析提出和解决制药工程问题的方案。
职业发展与就业方向
能在制药及其相关领域的生产企业、科研院所、设计院和管理部门等单位从事产品开发、工程设计、生产技术与质量管理和科技服务等工作。
适合报考生物技术、药学及相关专业的研究生。
这些能力旨在培养具备全面素质的制药工程本科生，使其能够在未来的职业生涯中，有效地进行药品的研发、生产、质量管理和技术创新。