学校开设本科专业时面临的困难主要包括以下几个方面：
过分看重人文社科专业：
许多独立学院在本科专业设置上过分偏重于人文社科专业，这导致专业设置趋同化严重，缺乏特色。
市场化和功利化倾向：
本科专业设置受到市场化和功利化的影响，一些高校为了迎合市场需求而设置热门专业，而忽视了自己的办学定位和特色。
与母体高校专业设置重复：
新建本科院校在专业设置上往往与母体高校存在较高的重复性，缺乏自身独特的学科优势。
专业调整灵活性差：
高校在与社会变化紧密集合的专业设置方面进行快速调整的能力有限，难以像商业机构那样灵活应对市场变化。
专业设置趋同和滞后：
目前，我国普通高校的本科趋同专业主要集中在各类文科专业，这些学科相比其他学科入门条件低，专业调整更灵活。大学因为其自身的特点，不会像商业机构那样具有灵活的反应能力，因此在与社会变化紧密集合的专业设置方面进行快速的调整就没有那么简单容易。
新设专业评估压力大：
新建本科院校在成立之初，新设专业需要面对诸多评估，存在多处"硬伤"需要"医治"，这给学校的发展带来了很大的压力。
综上所述，学校开设本科专业时面临的困难主要集中在专业设置的同质化、市场化和功利化倾向、与母体高校的专业重复、专业调整的灵活性差以及新设专业的评估压力等方面。为了克服这些困难，学校需要明确自身的办学定位和特色，加强学科建设和师资建设，提高专业设置的灵活性和针对性，以更好地适应社会和市场变化的需求。