日本长崎大学的本科专业主要包括：
1. 教育学部：包括国语科、社会科、数学科、理科、音乐科、美术科、保健体育科、工业技术科、家庭学科、英语科、教育学、教育心理学等。
2. 经济学部：包括经济学科、经营学科、贸易学科、公共学科等。
3. 医学部：包括医学科等。
4. 齿学部：包括齿学科等。
5. 药学部：包括药学科、制药化学科等。
6. 工学部：包括机械工程学科、机械工程学第二学科、电气工程学科、电子工程学科、结构工程学科、土木工程学科、材料工程学科、工业化学科等。
7. 环境科学部：包括环境科学相关专业。
8. 水产学部：包括水产学科等。
长崎大学的本科教育一般为4年制，学生需要先读1~2年的语言课程，然后进入专业课程学习。