专科和本科专业在毕业时存在以下主要区别：
修学时间
专科：一般为三年制，部分专业为两年制。
本科：一般为四年制，医学类专业和建筑学专业通常为五年制。
毕业证书
专科：毕业后只颁发一张毕业证书。
本科：毕业后颁发毕业证书和学士学位证书。
研究深度与论文要求
大专毕业论文：侧重于实证研究，研究问题较浅显，关注实际操作和应用层面，篇幅较短，约5000字。
本科毕业论文：要求更深的学术研究深度，需要进行实证研究并进行深入理论分析，篇幅较长，一般10000字以上。
培养目标
专科：侧重于职业技能和实践能力的培养，培养中高级应用型人才。
本科：侧重培养理论基础和科研能力，培养高级专门人才。
教育方式与课程设置
专科：以职业教育为主，注重专业技能培养，课程内容较为实用。
本科：以通识教育为主，不仅注重专业基础，还培养专业应用能力，课程内容较为全面。
职业发展
专科生：毕业后通常从事与其专业相关的工作，由于学历限制，可能在一些对学历要求较高的岗位上存在竞争劣势。
本科生：毕业后具有更多的职业选择和发展空间，可以继续深造，如考研或考博，且在就业市场上通常具有更高的竞争力。
社会认可度
本科：社会认可度通常较高，被视为高等教育的基本组成部分，有利于毕业生进入更好的单位和发展。
专科：虽然也具有一定的社会认可度，但在某些行业和岗位上的竞争力相对较弱。
综上所述，专科和本科专业在毕业时的主要区别体现在修学时间、毕业证书、研究深度与论文要求、培养目标、教育方式与课程设置、职业发展以及社会认可度等方面。选择专科还是本科，应根据个人的职业规划和发展需求来决定。