校企合作专科专业虽然有其独特的优势，如适应市场需要、注重实践技能培养等，但也存在一些弊端，主要包括：
就业协议的猫腻
校企合作往往以“包就业”为幌子，但实际上并不保证分配单位或限制学生的择业自由。所谓的“包就业”更多是提供就业指导和协助，而非直接分配工作。此外，就业老师可能会按学生水平指明求职方向，但在所有学生就业后，老师的任务就完成了，这种模式并不等同于包分配。
高昂的学费
校企合作专业的学费通常比普通专业高出不少，有的甚至高达每年一到两万。这对一些家庭来说是一笔不小的经济负担。
繁重的学习任务
由于校企合作专业通常只有短暂的在校园学习时间，剩余时间需要直接步入社会实习，学生面临较大的学习和工作压力。企业方面可能会压榨学生的时间，导致学生如同高三学生一般忙碌。
校外课程的教材不完整
企业提供的教材往往不完整，导致学生无法学到实质性的东西。这主要取决于合作企业的质量，如果企业质量不高，学生可能学不到太多有用的知识。
毕业要求到企业实习
校企合作的学生通常需要到指定企业实习一年，这可能会限制他们的自由择业。一些学生在早期可能不了解这一点，导致在毕业时感到不满和麻烦。
考研受限制
校企合作的学生在考研方面可能会受到时间上的限制，因为实习和考研时间可能冲突。虽然可以和企业协商，但这仍然是一个不利因素。
法治保障不足
目前，校企合作缺乏真正的法律保障，这可能导致学生在权益方面无法得到充分保护。
学习积极性和基础知识掌握不足
由于校企合作属于定向培养，学生的学习劲头和积极性可能不高，同时由于专业技术性强，综合基础知识涵盖面可能不全。
综上所述，校企合作专科专业虽然有其优势，但学生在选择时应充分考虑其弊端，确保所选专业符合自身职业规划和发展需求。