菏泽学院拥有多个王牌专业和特色专业，以下是一些备受认可的专业：
化学工程与工艺：
该专业师资力量雄厚，实验设施齐全，毕业生就业前景广阔。
自动化：
作为省级一流本科专业建设点，自动化专业在技术和实践方面都有很高的评价。
体育教育 、 生物科学、 机械电子工程、 生物工程、 财务管理、 音乐学：
这些都是省级一流本科专业建设点，显示了它们在各自领域的强势地位。
计算机科学与技术：
紧跟时代发展，课程设置丰富，适合对IT行业感兴趣的毕业生。
材料科学与工程、 土木工程：
注重理论与实践相结合，毕业生在相关领域具有竞争力。
生物工程：
紧跟生物科技发展趋势，注重创新能力培养，适合医药、环保等行业。
选择专业时，建议考虑个人兴趣、职业规划以及专业的就业前景。同时，可以参考菏泽学院历年的招录数据和专业的投档分数线，以及专业的推荐指数，来做出更为理性的选择。