中国科学技术大学的本科专业目录包括多个学科领域，具体如下：
1. 理学
数学与应用数学
物理学
化学
应用物理学
天文学
光电信息科学与工程
材料物理
材料化学
高分子材料与工程
生物科学
生物技术
理论与应用力学
测控技术与仪器
环境科学与工程
地球物理学
大气科学
信息管理与信息系统
管理科学
金融学
英语
考古学
传播学
2. 工学
机械设计制造及其自动化
能源与动力工程
安全工程
电子信息工程
通信工程
自动化
电子科学与技术
信息安全
核工程与核技术
计算机科学与技术
软件工程
土木与水利工程
航空宇航科学与技术
控制科学与工程
信息与通信工程
机械工程
生物医学工程
公共卫生与医学
3. 管理学
工商管理
财务管理
4. 医学
临床医学（5+3一体化，合作办学项目）
请注意，以上信息可能会因为教育改革等原因有所变化，建议以官方网站或招生计划为准