菏泽学院的本科专业中，以下几个专业被认为是王牌专业，具有较高的教学水平和就业前景：
自动化：
2021年度省级一流本科专业建设点，自动化专业在技术和应用方面具有较高的发展潜力。
体育教育：
2019年度省级一流本科专业建设点，体育教育专业在体育教学和研究方面具有明显优势。
生物科学：
2019年度省级一流本科专业建设点，生物科学专业在生物学、遗传学、细胞学等学科方面具有较强的教学和研究能力。
机械电子工程：
省级卓越工程师培养计划专业项目，机械电子工程在机械工程、电子工程、控制工程等领域具有广泛的应用。
化学工程与工艺：
省级高水平应用型专业群，化学工程与工艺专业在化学工程、工艺设计、产品开发等方面具有较高水平。
生物工程：
省级高水平应用型专业群，生物工程专业在生物制品、生物制药、生物技术开发等方面具有较强实力。
财务管理：
省级高水平应用型专业群，财务管理专业在财务规划、财务分析、财务决策等方面具有较高水平。
音乐学：
音乐学专业在音乐表演、音乐教育、音乐理论等方面具有较好的教学和研究条件。
计算机科学与技术：
计算机专业在硬件与软件相结合、面向系统、侧重应用的宽口径专业，具有较好的就业前景。
土木工程：
土木工程、地理信息科学、建筑学等专业在建筑、规划、施工等方面具有较强实力。
建议根据个人兴趣和职业规划，选择适合自己的专业。同时，菏泽学院的专业设置可能会随时间调整，建议在正式填报前以学校最新公布的数据为准。