南京最好的本科大学包括以下几所：
南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是教育部直属的重点综合性大学，入选了国家“211工程”、“985工程”建设序列、“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”等多个重要项目。
东南大学
东南大学（Southeast University），简称“东大”，位于南京，是国家教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学，也是国家“985工程”和“211工程”重点建设大学之一。
南京航空航天大学
南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics， 缩写： NUAA），简称南航，是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色的综合性大学，也是国家“世界一流学科建设高校”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。
南京理工大学
南京理工大学（Nanjing University of Science and Technology），简称“南理工”，是国家“211”重点高校，隶属于国家工业和信息化部的全国重点大学，拥有多个一级学科国家重点学科和博士后流动站。
河海大学
河海大学（Hohai University），是一所以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的全国重点大学，也是国家“211工程”和“985工程”重点建设高校。
南京农业大学
南京农业大学（Nanjing Agricultural University），坐落于南京，是以农业和生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。
南京师范大学
南京师范大学（Nanjing Normal University），简称“南师大”，是江苏省人民政府和教育部共建的全国重点大学，也是国家“211工程”和“985工程”优势学科创新平台重点建设高校。
南京工业大学
南京工业大学（Nanjing University of Technology），是一所具有鲜明特色的理工类大学，虽然不是双一流大学，但在南京的知名度高，工科专业值得重点关注。
南京财经大学
南京财经大学（Nanjing University of Finance and Economics），无论是综合实力还是社会声誉，在江苏省内都是响当当的，拥有多个特色专业。
南京信息工程大学
南京信息工程大学（Nanjing University of Information Science and Technology），是一所以大气科学为特色的全国重点大学，也是国家“211工程”和“985工程”优势学科创新平台重点建设高校。
这些大学在学术实力、师资力量、科研水平、社会声誉等方面都有很高的评价，是南京乃至全国的优秀本科高校。建议考生在选择本科大学时，可以综合考虑自己的兴趣、专业需求以及未来的职业规划，从这些高校中选择最适合自己的学校。