南京工程学院的本科专业排名如下：
1. 电气工程及其自动化
推荐指数：4.9（532人推荐）
评级：世界知名、中国顶尖应用型专业
2. 机械设计制造及其自动化
推荐指数：4.5（238人推荐）
评级：国家级一流本科专业
3. 自动化
推荐指数：4.4（231人推荐）
4. 热能与动力工程
推荐指数：4.4（193人推荐）
5. 土木工程
推荐指数：4.3（152人推荐）
6. 机械电子工程
推荐指数：4.5（77人推荐）
7. 智能电网信息工程
推荐指数：4.6（40人推荐）
8. 计算机科学与技术
推荐指数：4.5（48人推荐）
9. 车辆工程
推荐指数：4.7（45人推荐）
10. 材料科学与工程
推荐指数：4.2（42人推荐）
11. 电子信息科学与技术
推荐指数：4.3（33人推荐）
12. 工程管理
推荐指数：4.6（32人推荐）
13. 建筑电气与智能化
推荐指数：4.5（31人推荐）
请注意，以上排名信息来源于不同时间点的数据，具体排名可能会随着时间和评价标准的变化而有所调整。建议参考南京工程学院官方网站或相关权威排名信息获取最新数据